У параллельного порта в режиме максимальная пропускная способность 2 M/s, тут высокоточный таймер не нужен, в этом случае подойдёт PIT.
Нашел по поводу ACPI таймера и QueryPerformanceCounter http://blogs.msdn.com/oldnewthing/archive/2007/07/05/3695356.aspx