Большой проект - и без ошибок?

Для себя да. А если группа разработчиков?

 

Структура БД - однозначно в UML. мы PowerDesigner используем
Структура приложения - для нее схемы на практике создаются гораздо реже, и, как правило, концептуальные, т.е. подсистемы и их взаимосвязь.
На уровень отдельных классов имеет смысл опускаться только в случае сложного кода, что есть не слишком частое явление.
Это для проектов с 2-3 Мб исходного кода, с более крупными не работал.
ЗЫ: лучшее что я видел под линукс для проектирования в UML - это MagicDraw