Подскажите пожалуйста как устанавливать параметры доступа к файлам\дирикториям на уровне файловой системы (NTFS)
Программно или из оболочки (Explorer)? Если второе, то открываем настройки папок (Tools->Folder Options...), на закладке Вид снимаем галочку "Use simple file sharing (Recommended). Всё, теперь в свойствах папки/файла есть закладка Security, где можно устанавливать параметры доступа. Если первое через WinAPI, то смотри в сторону SetFileSecurity (PlatformSDK).