Замучился искать уже в чём причина. После упаковки (smallPack) винда перестаёт считать этот файл ехешником. Если поставить Sectionaligment = 1000h и у всех секций VirtualOffset кратный 1000h, то запускается(с исключением ясное дело). Посмотрите, пожалуйста, кто может, я видать чего-то очевидного не замечаю.