Orca не позволяет это делать (там можно только изменить имя архива). MsiEx и Плагины для Тотоал коммандера могут только читать. Нужно перезалить измененный CAB. Чем?
Нашел ScriptLogic MSI Studio. Есть один нюанс. После всех изменений нужно очистить базу (Clean Database). Неиспользуемые (удаленные) файлы сотрутся. Размер уменьшится. Что и было нужно.