Собственно весь вопрос в заголовке. Нигде не могу найти обяснение что именно подразумевается под "слоями" в подобном типе окна.
Под слоями понимаются окна. Слои могут иметь прозрачность, иметь под\над собой ещё слои. Активность\пассивность "слоевого" окна вычисляется исходя из его прозрачности.