Создаю в блокноте WinAVR проект компилю и при отладке в протеусе никаких проблем не наблюдаю. Т.е. исходный код протеус находит. Делаю тоже самое в Eclipse и протеус код уже не видит. Даже если оформить размещение файлов как в первом случае тоже результата не будет. При сборке проектов получается одинаковое количество файлов. Параметры оптимизации одинаковые. ЗЫполе для бота поисковика) "Proteus добавление исходного кода на С", "Proteus добавление С-ишного исходника".
2cupuyc: Спасибо!! В настройках проекта нужно было выбрать "Debug Info Format" = dwarf-2. В разделе AVR Compiler.