Загрузить её в DIB-битмап (OLELoadPicture + CreateDIBSection + BitBlt в помощь), вытянуть из него указатель на массив пикселей, на его основе построить битовую "карту прозрачности" (загоняется в отдельный массив), и передать все парамы в CreateIcon. А уже потом свежесозданную иконку передавать в NOTIFYICONDATA.