Как написать загрузочный сектор обсуждается здесь. И вообще, документов и примеров масса. Записать на флеш можно, например, с помощью WinHex (это для Win), либо с помощью dd (*nix). Если интересует загрузчит для FAT, то можно посмотреть, например, здесь. +google выдаст на эту тему массу результатов.