Молекулярное моделирование

Discussion in 'WASM.ZEN' started by AlexCab, Nov 19, 2010.

  1. AlexCab

    AlexCab New Member

    Blog Posts:
    0
    Сразу оговорюсь, я пранирую это к реализации не скоро(чрез десятки месяцев), пока просто обдумываю.

    Итак допустим у нас есть некая виртуальная коробка, в которой есть атомы, эти атомы прибывают в движении
    (имеют температуру), взаимодействуют между собой по определённым правилам и тп.
    Коробка изготовлена из идеального матерьяла(не взаимодействует с атомами химичиски,
    не отдаёт и не поглощает тепло(атом натолкнувшийся на неё отражается как от заркала)). Мы имеем возможность
    создавть разные атомы(в разных координатах с любым вектором и энергией),удлять их тп.(собственно редактировать
    содержимое коробки).

    Собственно вопросы над которыми я думаю:
    1.Как увеличить точность моделирования?
    Возможные решения: Увеличение числа свойст атомов(значительно ратёт требуемая вычислительная мощность).
    Более сложные алгоритмы(какие?).
    2.Как добися того чтоб при приемлемом качестве и количестве моделирования
    мне не нужно было бы арендовать манфрейм?
    Возможные решения: GPU(ограниченые возможности процессоров).
    Распередлённые вычисления(при таком подходе требуются мощьные каналы связи, либо про real time можно забыть).

    Спасибо за участие.
     
  2. drmad

    drmad New Member

    Blog Posts:
    0
    Что является целью моделирования?
     
  3. AlexCab

    AlexCab New Member

    Blog Posts:
    0
    Research & Development.
     
  4. drmad

    drmad New Member

    Blog Posts:
    0
    Нет, это цель выполнения работы. :) А интересует: цель моделирования. Что хочется получить в итоге?
    Наиболее общий случай - вектора скоростей частиц в произвольный момент времени? Тогда это классическая задача N тел, для которой о реалтайме можно сразу и навсегда забыть.
    Или это какие-то частные характеристики, типа возможных траекторий прохождения электрического разряда или распределения координат температурных флуктуаций? Тогда можно попробовать потрепыхаться.
     
  5. AlexCab

    AlexCab New Member

    Blog Posts:
    0
    Как можно более точное моделирование реально происходящих на молекулярном уровне процессов.
    Проще говоря чтоб после разработки(конструирование,тестирование,...), это можно было изготовить, и оно работало.
    Рилтайм в иделе, но хотя-бы не недели.
     
  6. drmad

    drmad New Member

    Blog Posts:
    0
    Гм. На молекулярном уровне реально происходит огромное количество процессов. Если Вы хотите смоделировать сразу все, не представляя, какие они бывают, - то флаг Вам в руки. :)
     
  7. Clerk

    Clerk Забанен

    Blog Posts:
    0
    AlexCab
    Не возможно, так как механизмы не известны. Мб обманный тупайзер чего прояснит.
     
  8. FatMoon

    FatMoon New Member

    Blog Posts:
    0
    Ну и? симулятор броуновского движения? Чтоб картинку посмотреть? Можно сделать так: нарисовать "паркетный" гиф с анимацией. Тоже "паркетной". На котором скажем 100 частиц на площади 2х2 см сталкиваются и летают от стенки к стенке. Надо больше - выводим 16 экземпляров этого гифа, 4х4 :))) и наслаждаемся картинкой. Еще больше - не проблема. И никаких сложных расчетов.
     
  9. AlexCab

    AlexCab New Member

    Blog Posts:
    0
    drmad
    Clerk
    Если бы было просто небыло бы интересно:)

    PS: Пока я не слишком глубоко капал, но по моему это уровень химии(не субатомарный), здесь подробнее.
     
  10. FatMoon

    FatMoon New Member

    Blog Posts:
    0
    Не-не, просто - не просто, а смысл в обсчете кучи частиц и их движения только один - посмотреть картинку. Среднюю скорость считают по другому, одной достаточно линейной формулой. Число соударений в зависимости от температуры и давления - тоже формулой. Для этого не надо моделировать ящик с молекулами.

    Как можно более полное - это значит задаем реальные атомы, для каждого считаем уравнение Шредингера, двигаем их и... ну короче если не на неделю расчета, то пожалуй пару частиц можно и столкнуть, и реакцию сосчитать. Иначе надо погружаться в моделирование, приближенные решения уравнения Шредингера, полуэмпирические методы, выбирать подходящий... Это кандидатская диссертация по физ-химии! А то и на докторскую потянет ;) Особенно если обосновать выбор метода, сравнить результаты моделирования с экспериментом, и я не о броуновском движении, а о реакциях в газах (то есть то, что сталкивается, не просто упруго отскакивает друг от друга, но может и вступать в реакции. В целый набор реакций, которые тоже нужно обосновать. Например, то, что записывают как 2H2+O2=2H20, в газовой фазе может выглядеть как-то так:
    H2 + e <-> 2H* +e (молекулу разломало на атомы)
    H2 + e <-> H* + H- (то же, но с захватом электрона)
    H2 + e <-> 2H+ + 3e (разломало на ионы, с выбиванием электронов)
    ...
    и так же с кислородом, а потом для каждого иона или радикала реакции с каждым из.)
    Это точно диссертация. А то и несколько.
     
  11. AlexCab

    AlexCab New Member

    Blog Posts:
    0
    FatMoon
    Вы верно поняли мысль.
    Это собственно и является проблемой.
    Разумеется, разве я писал что требуется апсолютная точность.
    Примерно так я это и представляю.

    Достичь апсолютного соответствия модели пожалуй в принципе не возможно(хотя бы по тому что доподленно не извесно что
    находится ниже атомарного уровня), но возможно достичь точности приемлемой для практических целей(или я не прав?).
     
  12. FatMoon

    FatMoon New Member

    Blog Posts:
    0
    Ну тогда темы для поиска:

    численное моделирование физических процессов
    численное моделирование методом частиц
    метод частиц в ячейке
    взаимодействие частиц метод монте-карло

    Что-то наверняка поможет. Читаем, читаем, читаем. Про реакции в газах, стат-термодинамику, про метод Монте-Карло, и "Численное моделирование методом частиц" тоже обязательно читаем, прямо книга такая есть. И несколько диссертаций можно найти. В основном связанных с низкотемпературной плазмой. А, ну и по мере чтения ссылки какие-нибудь будут, тоже наверняка пригодятся. Это не для форумного обсуждения, никто (даже зная как) за другого бесплатно диссертацию не делает ;) А если это безумная идея с собственной защитой никак не связана - ну удачи в изучении :lol:
     
  13. AlexCab

    AlexCab New Member

    Blog Posts:
    0
    FatMoon
    Thanks, будем курить понемногу.
    О да, с моим среднеспециальным как раз дисертации писать:), это хоби.
     
  14. moderhi

    moderhi New Member

    Blog Posts:
    0
    Вполне можно сделать движок для моделирования простейших взаимодействий между несколькими десятками атомов. Но не нужно ожидать от него достоверности) Вы только представьте сколько взаимодействий нужно будет просчитывать между одной частицей и всеми остальными(электроны, ионы) , не забывая про динамику внутри атома, которая еще до конца не понятна физике. И всё это на сумашедших скоростях в природе функционирует.
    Недавно в сети видел новости про то как амеры "загрузили" в супер эвм какоето самое изученное одноклеточное и оно там прожило немного(непомню сколько но мало) и "сдохло" конечно изза не точности моделируемых взаимодействий. ссылку не смог найти. но нашел про моделирование вируса http://www.3dnews.ru/news/619771/


    Отрывок "...Рабочим инструментом стал суперкомпьютер Mole-8.5, включающий более 2200 графических процессоров NVIDIA Tesla в 288 узлах. Изучение бактерий и вирусов в лабораторных экспериментах является сложной задачей, так как реакции проходят слишком быстро и их затруднительно распознать и проанализировать.

    Ученые разработали приложение симуляции молекулярной динамики исследуемой системы, которое использует технологию вычислений на базе GPU..."
     
  15. Dmitry_Milk

    Dmitry_Milk Member

    Blog Posts:
    0
    Хинт топикстартеру: молекулу нельзя в общем случае рассматривать как сборище атомов-шариков, прилипших друг к другу за счет валентных/ковалентных связей. Это упрощенное представление, возникшее исторически, и преподаваемое в школьной химии так для того, чтоб школьникам было понятно.

    Для примера возьмите хотя бы молекулу бензола. Нельзя ее свойства вывести из того, как соединились атомы водорода и углерода, рассматриваемые как дискретные объекты. Воникающее в ней бензольное ядро - фактически самостоятельная сущность, которую нельзя рассмастривать составленой из электронов и(или) атомов. Атомы могут заменяться, а бензольная сущность будет оставаться.
     
  16. _sheva740

    _sheva740 New Member

    Blog Posts:
    0
    Помнится на вышке разбиралась система диф. уравнений отражающей
    изменении температуры в упругой замкнутой среде. Нагревание и остывание стержня.
    Система сводилась к уравнению струны и потом делались
    выводы типа: "А представьте что было бы если бы начальные характеристики модели этого процесса
    мы уточнили бы?"
    Когда предложили эту усложненную задачу взять на курсовой - я сказал, что как человек верующий
    я считаю кощунством, с моей стороны, принять такой вызов. За что получил типовое задание, потом свою твердую тройку
    и презрение математика и много освободившегося времени чтобы радоваться жизни. )))
     
  17. Pavia

    Pavia Well-Known Member

    Blog Posts:
    0
    Clerk
    Да механизмы непонятны.
    Тупайзер ничего не прояснит. Это все равно что взять часы и попробовать их разбить чтобы узнать как они действуют.
    При этом учёные построили огромный молоток, больше чем кувалда. И хотят нам сказать что они там что-то разберутся, это бред. Просто осколков будет больше.
     
  18. ejbfcrfvyr

    ejbfcrfvyr New Member

    Blog Posts:
    0
    Pavia
    Здрасти. Пришлось порегать новы ник, чтобы вам ответить :)

    Я тоже думаю что коллайдер затея безнадёжная. И моё мировозрение не с проста возникло. Есчо со школы меня пичкали всяким бредом, ложью типо СТО. Сейчас я понимаю каким был наивным, ибо раньше я не размышлял, а принимал всё за святую истину. Теперь я размышляю, у меня есть время, желание и возможности подумать над тем, что мне преподносят. СТО тема интересная была недавно для меня, теперь мне это мало интересно. Я ненавижу этих псевдоучёных, которые зомбируют не созревший разум студента этой ересью. Таких нужно жечь на кострах.
    Я пытался обсудить СТО два раза на днях на форумах по этой тематике. И за это время я понял что имел ввиду Олег Акимов говоря что релятивисты больные люди. Всякий аргумент, на который нельзя дать ответ в рамках теории выпиливается вместе с автором - человек тутже уходит в бан с отправкой изучать эту бредовую матчасть. Разум - нет такого уже в физике. Эйнштейн действительно был гением, я бы наверно такую спекуляцию не смог придумать. Честно говоря прямо впечатляет, даже вызывает эмоции. Суть в том, что всякий физическций закон имеет смысл только если метрика фиксирована, тоесть время определено(длительность), длина тела определена етц. Если сделать эти параметры переменными, то окажется(внимание - вот она гениальность) что любую, фактически любую формулу можно сделать валидной!
    Далеко не нужно ходить, в сто парадокс на парадоксе. Свет распространяется с конечной скоростью. Очевидно что двигаясь на встречу свету скорость его увеличится, а частота волн повысится, также как и со звуком, это обычный Доплер. В сто же для махинаций постулировано что скорость света постоянна и для приёмника. Тоесть это временные парадоксы, которые в рамках теории разрешаются вроде бы просто. Но если размышлять, это вызывает противоречия типо парадокса близнецов и прочих аномалий. Как такие спекуляции можно называть физикой, это даже не магия, это нaeбательство в прямом виде. Форумула s = v*t валидна в любом случае, например s = 2*v*t - сократим путь или время, это полный беспридел. Акимов это хорошо описал и только при одном упоминании его релятивисты начинают срать кирпичами. Ненавижу их и всю эту ложь.
    Дем со смыслом, отличный:
    [​IMG]
     
  19. shchetinin

    shchetinin Member

    Blog Posts:
    0
    AlexCab
    Только конкретные в определенное время ..
    Пример: от хрен знает чего, модификация нестабильных атомных ядер. Ядерная и вообще вся работа с атомами это полнейший агностицизм.
     
  20. Pavia

    Pavia Well-Known Member

    Blog Posts:
    0
    ejbfcrfvyr
    Дело не в СТО.
    А дело в том что есть: СТО, ОТО, вероятностная теория, теория Ньютона, теория элементарных частиц, волновая теория, квантовая теория, теория струн.
    Зачастую это всё преподносится как случившийся факт. Хотя это только теории, но с них можно получить профит при реальном применении.


    И это всё теории. Если Ньютона с его предложением что частицы предстовимы в виде шариков легко опровергли в виду существования волновых эфектов у так называемых частиц. Правда сама волновая теория основана на дискретном представлении о мире, то есть изначально предполагают существования некоторых частиц, которые излучают волны.

    Ньютоновская теория до сих пор жива. Его идеи продолжают жить в виде теории элементарных частиц.
    Элементарные частицы это не ньютоновские частицы. Это наборы свойств. Отсюда проблема дуализма.

    Попробую объяснить, не уверен что получится. В список свойства частицы включили пространство и время что создало частицу. Но другие свойства физически не привязаны к частице. А мы их привязали логически назвав это частицей. Отсюда мы наблюдаем такое явление что заряд есть, а координата частицы неизвестна. Вся теория разрушена на первом шаге.

    Есть еще одно ответвление это квантовая теория. Пробуют волновую теорию увязать с ОТО. Причём любопытно что они за константу приняли постоянную планка и скорость света. Две постоянных из двух разных теорий.

    Вероятностная теория, основано на известном уравнение Шредингера. Тут вопросов к теории нет. Дело в практике. Да и смысл этого уравнения мало кто понимает. А оно простое.
    Вероятностная теория не раскрывает внутренних механизмов, она описывает только следствие. Что даёт мало пользы.
    Можно делать прогнозы, и на них что-то получить. Но тут уже встают проблемы математики. Никто толком не занимался теорией вероятности за исключением криптографов. Но и они только освещают проблемы, а не их решения. Но это из другой области.